La Regione Emilia Romagna, con la legge 24 gennaio 1977, n. 2, tutela, tra l'altro, un determinato numero di specie floristiche rare o minacciate. Anche la Riserva è ricca di specie protette, di cui procediamo ad una sintetica descrizione. La lingua cervina è una bellissima felce molto esigente in fatto di umidità e di ombra e quindi presente solo presso la risorgente di Onferno.

A maggio nelle radure, negli ambienti aridi, siepi, bordi di strade e boschi, spiccano i mazzetti di fiori rosa intenso del garofano di Balbis o dei Certosini col passare del tempo la specie è divenuta progressivamente più rara a causa della raccolta dei suoi fiori, di rara bellezza.
All'opposto, il borsolo occupa posizioni fredde e umide del bosco presso la risorgente: è questa l'unica stazione nota per il Riminese.

Il giglio rosso i cui fiori, come dice il nome, sono simili a quelli del giglio bianco ma di un rosso sgargiante, è stato osservato all'interno della Riserva in una unica stazione, una prateria arida su un versante a forte pendenza.

Alla famiglia delle Amaryllidaceae appartengono il bucaneve e lo zafferanastro giallo. Entrambe le specie sono note per il territorio riminese esclusivamente nella Riserva di Onferno, la prima spontanea, la seconda avventizia da vecchia data.

La Famiglia delle Orchidaceae, integralmente protetta, conta un buon numero di specie nella Riserva. È innegabile che queste piante nel loro polimorfismo, strategie evolutive e specializzazioni riproduttive, esercitino una attrattiva particolare nei confronti di quanti si dedicano alla ricerca floristica.

L'ofride fìor d'api o vesparia caratteristica per la forma del fiore che ricorda quella di un'ape, è diffusa soprattutto negli incolti e nei cespuglieti.

L'orchidea piramidale dalle infiorescenze dense e di colore rosa chiaro, predilige suoli freschi di campi e boscaglie.

Del numeroso gruppo del genere Orchis è stato rinvenuto il giglio caprino caratterizzato da infiorescenze non molto dense e di colore rosso-violaceo, che si limita a fiorire in pochi esemplari su prati e pascoli al limite della Riserva, e la molto più comune orchidea maggiore.  Incolti, praterie, cespuglietti, boschi aperti, margini di strade, possono ospitare questa vistosa orchidea, che si distingue dal giglio caprino per le maggiori dimensioni e per il colore rosso-purpureo delle infiorescenze.

La diffusione dell'orchidea macchiata è inferiore solo a quella dell'orchidea maggiore. L'infiorescenza rosata e le foglie macchiettate la rendono inconfondibile nei differenti ambienti in cui è presente. Il nido d'uccello è un'orchidea micosaprofitica, non fotosintetizzante, legata ad ambienti ombrosi e freschi del sottobosco.