I rapaci notturni sono presenti ad Onferno con almeno quattro specie nidificanti. È possibile incontrarli al crepuscolo o nelle prime ore del mattino, ma è più facile rilevarne la presenza affidandosi al riconoscimento del loro "canto" territoriale. Trattandosi infatti di uccelli notturni, il messaggio di territorialità da trasmettere ad eventuali competitori non è affidato alla brillantezza del piumaggio, ma ad un richiamo sonoro inconfondibile. L'emissione del richiamo serve a segnalare ad altri individui della specie che un determinato territorio è occupato. La dissuasione verso eventuali competitori ha come effetto una drastica diminuzione degli scontri diretti fra individui della stessa specie. Il rilevamento di questi animali al canto, consente anche una stima della consistenza dei loro popolamenti. Il barbagianni, inconfondibile predatore notturno dal candido piumaggio, è nidificante e presente durante tutto l'anno. Spostandosi di notte lungo le strade che attraversano la Riserva, spesso i fari dell'automobile illuminano la bianca sagoma di questo rapace, che scivola a mezz' aria ad ali spiegate e scompare nel buio della notte. Nidifica in colombaie, soffitte, o vecchie costruzioni, anche diroccate. Nella Riserva il barbagianni si riproduce in diversi siti e, fino a poco tempo fa, anche nella torre del campanile della ex Pieve di Santa Colomba (attuale Centro Visite), luogo immediatamente abbandonato durante i lavori di restauro. La costruzione e la messa a dimora, in quest'area, di alcuni nidi artificiali ha l'obiettivo primario di consentire il ritorno di questo predatore nella zona centrale della Riserva. Anche la civetta è specie nidificante e residente. Frequenta prevalentemente ambienti aperti, campi, pascoli, prati alternati a filari di alberi e margini dei boschi. Nidifica nella cavità di vecchi alberi, ma anche in colombaie, sottotetti e granai. Non di rado è osservabile, nelle prime ore del mattino o al crepuscolo, sui fili della luce o sul tetto di vecchi edifici rurali. Ad Onferno è presente con una cospicua popolazione stimabile in almeno 6-8 coppie. I boschi a roverella della Riserva, per la tendenza di questa specie di querce a formare cavità, ospitano una discreta popolazione di allocco rapace notturno fortemente territoriale e stazionario. In alcune aree dell'Inghilterra, dove sono stati compiuti studi approfonditi, individui marcati sono vissuti nel medesimo bosco difendendo il proprio territorio per molti anni. Il canto territoriale dell'allocco è inconfondibile: potente e penetrante, è udibile anche a parecchie centinaia di metri di distanza. Nella Riserva sono presenti almeno tre coppie con territori nell'area delle "Selve" e nel bosco dell'affioramento gessoso. Al contrario di quanto sembrerebbe indicare il nome, il gufo comune non era affatto diffuso fino ad una decina di anni fa. Attualmente la sua popolazione sembra in netta ripresa. Nel territorio della Riserva si riproduce dalla primavera del 1994; prima d'allora era stato osservato solo durante l'inverno in dormitori numerosi, formati anche da una decina di individui. Si tratta di una specie sedentaria, che per la nidificazione è legata ai margini dei boschi o a rilari di alberi, anche in prossimità dei coltivi. La nidificazione inizia già a fine febbraio, ed avviene in vecchi nidi di gazza e cornacchia. Anche il gufo comune è facilmente identifìcabile srazie all'inconfondibile canto dei maschi.